土地入股存在的问题有：
1、土地承包经营权入股的正当性争议；
【土地入股存在的问题有哪些】2、平等协商、自愿、有偿原则的落实障碍；
3、改变入股土地的农业用途时有发生；
4、土地入股经营失败后处置困难 。
【法律依据】
根据《物权法》第128条，土地承包经营权人依照农村土地承包法的规定，有权将土地承包经营权采取转包、互换、转让等方式流转 。

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